​NCBI中primer-blast使用方法

NCBI中primer-blast使用方法

这个工具整合了目前流行的Primer3软件，再加上NCBI的 Blast进行引物特异性的验证。那该怎么使用呢？一起来看看吧！

材料/工具

计算机

方法

Prim认盾袁根听力核备不er-BLAST的输入：Pr来自imer-BLAST界面包括了Primer3和BLAST的功能。提交的界面主要包括三个部分：target te素销治名民mplate（模板区）, the 一激班线制少代且primers（引物区）, 和specificity check（特异性验证区）。跟其它的BLAST一样，点击底部的“Advanced param布亮白状首药eters”有更多的参数设置。

模板（Template） 在“PCR Template”下面的文本框，输入目标模板的序列，FASTA格式或直接用Accession Number。如果你在这里输入了序列，是用于引物的设计。Primer-BLAST就会根据你输入的序列设计特异性引物，并且在目标数据库（在specificity check区选择）是唯一的。

引物（Primers） 如果你已经设计好了引物，要拿来验证引物的好坏。可以在Primer Parameters区填入你的一条或一对引物。并且选危怎乡末军苗固择好验证的目标数据库体太言将传物武输（在specificity check区选择）。根据需要可设格裂原副导向置产物的大小，Tm值等。

特异性（Specificity） 在specificity check区，选择质排个儿械范角设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。这一步是比较重要的。这里提供了4种数据库：RefSeq mRNA, Genome (selected reference assemblies), 那市指行细两制出绍Genome (all chromosomes), and nr (the standard non-redundant datab教重黑初ase)。前两个数据库是九放呼相洋属教杂赶经过专家注释的数据，这样可以给出更准确的结果。特别是，当你用NCBI的参考序列作为模板和参考序列数据库

作为标准来设计引物时，Primer-BLAST可以设计出只扩增某一特定剪接变异体基因的特异引物。selected reference assemblies 包括以下的物种： human标阻烈传渐灯资交烈不, chimpanzee, mouse, rat, cow, dog, chicken, zebrafish, fruit fly, honeybee, Arabidopsis, 和 rice。Nr数据库覆盖NCBI所有的物种。